在神秘的南极冰层里，一个被遗弃的星际之门建造者的基地被意外发现。这个消息引起了星际之门亚特兰蒂斯小队的极大兴趣。他们应召执行一次前所未有的星际之门任务，前往遥远的未知星系——天马星系。在天马星系，亚特兰蒂斯小队遭遇了前所未有的挑战。他们发现这个星系中隐藏着一个古老的人类文明，这个文明的力量强大而神秘，对亚特兰蒂斯小队构成了严重的威胁。在探索过程中，小队成员们逐渐意识到这个文明并非自然演化而来，而是受到了某种未知力量的干预。他们开始深入调查，试图揭开这个文明的秘密。然而，随着他们越来越接近真相，这个文明开始对他们发动攻击。他们遭遇了各种未知的防御系统和古老的武器，整个小队陷入危机。面对不断升级的威胁，亚特兰蒂斯小队必须发挥他们的勇气和智慧，寻找破解之道。他们利用星际之门的技术，与这个文明展开了一场激烈的较量。最终，在经过一系列惊心动魄的冒险后，亚特兰蒂斯小队成功地揭开了这个文明的秘密，并找到了与这个文明和平共处的方法。他们带着宝贵的经验和教训返回地球，为未来的星际探索奠定了基础。《星际之门：亚特兰蒂斯 第三季》以紧张刺激的剧情和精彩纷呈的战斗场面，展现了人类在未知宇宙中的勇敢和智慧。故事传递了探索未知、团结一致的主题，让观众在享受视觉盛宴的同时，也感受到了人性的光辉。